Galaxy是一个在线的生物信息云平台，目前已经上线了1300+生信实用工具，整合的一键式分析流程也在陆续上线中。这些工具/流程涵盖生物信息数据分析的方方面面，包括但不限于：

• 基因组数据分析
• 转录组数据分析（Bulk RNA-seq， Single Cell RNA-seq）
• 蛋白质组数据分析
• 癌症基因组测序研究
• 统计学 / 机器学习
• 生信绘图

Galaxy能够进行生物信息学上下游全链条的数据分析，它可以服务于：

• 学生，学习生物信息学；
• 教师，讲授生物信息学；
• 科研人员，快速进行数据分析，无需繁琐的工具安装和流程搭建，把精力放到生物学意义的挖掘上。

如何开始使用Galaxy？本文将介绍Galaxy中的关键任务：上传文件、使用工具、查看历史记录以及运行工作流程。

Galaxy的外观

1. 打开任意浏览器（推荐Chrome）
2. 输入网址：usegalaxy.cn
3. 注册 & 登录

Galaxy主页分为四个面板，从左到右为：

• 活动栏
• 工具面板
• 视图面板
• 历史面板

首次使用Galaxy时，历史面板中不会有文件。

关键操作

命名历史面板

1. 来到右侧的历史面板
2. 点击(Edit)
3. 输入一个新的名称，如：Learn To Use Galaxy
4. 点击保存
   • 如果无法重命名，可能你没有登录，请登录后重试。

     上传文件

     工具位于左侧的面板中。

5. 在工具面板的上方，点击Upload Data

这将打开一个界面。

1. 点击 粘贴数据或链接
2. 粘贴一个文件地址：https://zenodo.org/record/582600/files/mutant_R1.fastq

1. 点击开始
2. 点击关闭
   • 上传的文件位于当前历史中，称为数据集；
   • 上传的文件将经历三个阶段：灰色（准备/排队）、黄色（正在处理）和绿色（上传成功）。

这是什么文件？

1. 要查看文件的内容，可以点击数据集名称后面的（eye）

文件的内容将显示在中间的Galaxy面板中，此文件包含来自细菌的 DNA 测序reads，采用 FASTQ 格式：

使用工具

让我们看一下这个文件中的reads质量。

1. 在工具面板上方的搜索框中输入：FastQC
2. 点击 FastQC Read Quality reports

工具将会在中间的Galaxy面板中显示。

1. 设置以下参数：
   1. *Raw read data from your current history **：刚才上传的文件
   2. 其他参数保持默认
2. 点击 Run Tool

工具将会运行，并且两个新的输出数据集将显示在历史面板的顶部。 查看结果 现在，我们将查看输出的数据集：FastQC on data 1: Webpage

• 注意：Galaxy会根据其使用的工具名称（FastQC）和输入（data 1）为此数据集命名
• 名称“data 1”表示Galaxy当前历史记录中的数据集编号1（即我们的 FASTQ 文件）

一旦输出数据集的名称变为绿色，有两种方式查看文件的内容：

• 如前所述，可以点击图标在线查看
• 也可以点击一下文件名，待展开后点击图标下载到本地电脑后查看

运行其他工具

让我们运行一个工具来过滤掉 FASTQ 文件中质量较低的 reads。

1. 在工具面板上方的搜索框中输入：Filter by quality
2. 点击工具 Filter by quality
3. 设置以下参数：
   1. *Input FASTQ file **：最初的 FASTQ 文件
   2. *Quality cut-off value **：35
   3. Percent of bases in sequence that must have quality equal to / higher than cut-off value：80
4. 点击 Run Tool

工具运行后，其输出的数据集将显示在历史面板的顶部。

• 该数据集的名称为：Filter by quality on data 1
• 历史面板中数据集前面的实际数字并不重要

这个过滤工具的结果是什么？我们可以单击图标来查看此输出文件的内容，但信息量不大 - 我们只会看到一个 reads 列表。 问题：过滤掉了多少 reads？ 答案：1786 (14%) 更改设置后重新运行工具 现在，我们尝试用更高的标准过滤原始数据，并查看过滤后的结果。

1. 点击任意一个结果文件名，再点击按钮（Run Job Again）

这将在中央面板中展示工具界面，并且工具的参数设置与刚才生成该数据集的参数是一致的。也就是说，上一次分析的结果很容易重新修改参数后再分析。

1. 将部分参数修改为更严格，如：
   1. *Quality cut-off value **：36
   2. Percent of bases in sequence that must have quality equal to / higher than cut-off value *：80
2. 点击 Run Tool

问题：在这些新的过滤条件下丢弃了多少 reads？ 11517 （92%），大多数 reads 都被过滤了，可见设置的过滤条件过于严格，应该适当放宽一些。 分享你的历史记录 最后，如果你希望将自己的数据分析过程与他人分享，或者你的分析有问题需要寻求帮助时，可以共享你的历史记录，其他人则可以导入和访问你历史记录中的数据集、参数和步骤。 单击 历史面板 **的（History options），单击 分享或发布历史，**根据分享范围的不同，有3种方式共享历史：

1. 共享给特定用户，通过指定用户的邮箱来实现；
2. 通过链接共享历史记录。选中 Make History accessible，此时会出现一个链接，其他人可以通过该链接访问你的历史。
3. 将历史记录共享给本Galaxy平台的所有用户。选中 Make History publicly available in Published Histories实现。

注意：如果你希望共享的历史版本不再改变，可以先将历史记录复制一份，再共享。可以通过历史面板下拉菜单中的 Copy this History 复制历史。

将你的分析历史转变成工作流程

当你仔细查看历史记录时，可以看到它包含了我们分析的所有步骤，从开始（底部）到结束（顶部）。Galaxy的历史面板记录了你运行的每个工具的详细信息，并保留了每个步骤中应用的所有参数设置。但是，当你需要分析数据时，再次逐个执行每个步骤会很乏味。 Galaxy平台可以将分析过的历史记录转变成流程，通过历史面板（History options）中的 **提取为工作流 **即可以轻松实现。这意味着，每当你要构建工作流程时，只需要手动执行一次步骤，然后将其转换为工作流，这样下次执行相同的分析将大大减少工作量。

1. 清理历史记录：从历史面板中删除所有失败的任务，通过点击删除按钮。
2. 点击历史面板右上角的（History options），然后选择 提取为工作流。

1. 重命名 **Workflow name **为：QC and filtering
2. 重命名右侧输入数据为：FASTQ reads
3. 如果某个步骤不需要包含在流程中，可以取消其前面的复选框。在这里，取消第二个 Filter by quality 工具的复选框。

1. 点击 Create Workflow，将会看到创建成功的消息。

下面，我们将使用刚才创建的工作流程。

创建新历史记录

让我们创建一个新的历史记录。

1. 点击历史面板上方的加号
2. 重命名历史：Run Workflow

   在历史之间复制文件

   历史面板会立即显示新创建的历史，之前的历史记录去哪儿了呢？

3. 点击History options, 点击 Show Histories side-by-side
4. 复制一个数据集到新的历史中。直接从第1个历史中拖动 FASTQ 文件到新的历史中即可。

在新的历史中运行流程

现在我们已经构建了工作流程，它可以用于新的 FASTQ 数据的分析。

1. 点击Galaxy上方菜单栏中的 工作流程。这将会列出你所有的工作流程，新创建的在最上方。
2. 点击右侧（Run workflow）按钮。
3. *FASTQ reads **：选择FASTQ文件（会默认自动选上）。
4. 点击右上角的 Run Workflow 按钮。

你将看到流程成功调用的消息。所有任务将在新的历史中运行，它将重复最开始历史中的分析步骤。 结论 至此，你已经入门了Galaxy云平台。掌握了平台的关键操作，如上传文件、命名/新建/分享历史、运行工具、查看/下载分析结果，以及将分析过程提取为工作流以便重复使用。